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    三代測序,爲樣品質控保駕護航

    當前,以PacBio、Nanopore爲代表的三代測序技術已成爲全基因組測序(WGS)的主流方法。利用(yòng)無需PCR過程的單分子測序技術,進行長讀長測序,無論是對(duì)基因組組裝還是基因組變異檢測,都具有很(hěn)高(gāo)的準确率。更可利用(yòng)測序過程中聚合酶反應的動力學變化,分析基因組學和(hé)表觀遺傳學數據,适合于基于多組學研究的應用(yòng)場景。

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    結合當前大(dà)力發展中醫(yī)藥研究及産業化的時(shí)代大(dà)背景,基于全基因組測序及多組學研究的技術,已經成爲了(le)中醫(yī)藥科學研究的重要推動力。日前,來(lái)自(zì)醫(yī)科大(dà)學、中醫(yī)科學院道(dào)地藥材重點實驗室、以及安諾優達的聯合團隊利用(yòng)PacBio三代測序技術,發表了(le)一個染色體水(shuǐ)平的高(gāo)質量三七參考基因組,并通過基因組演化分析,鑒定了(le)系統發育與全基因組複制事(shì)件對(duì)于皂苷合成的影響。

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    三七是五加科人參屬的多年生草本植物,因其廣泛的藥理(lǐ)學作(zuò)用(yòng),在中國近千年的臨床治療中發揮了(le)重要的作(zuò)用(yòng)。結合多組學研究數據,研究人員還對(duì)三七進行了(le)詳細的轉錄水(shuǐ)平分析,揭示了(le)三七的小(xiǎo)塊莖形成的基因調控機制,從(cóng)時(shí)間和(hé)空(kōng)間水(shuǐ)平上(shàng),進一步研究了(le)皂苷的合成和(hé)調控。鑒定到(dào)了(le)5個糖基轉移酶基因,在三七中催化不同的人參皂苷的形成。

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    文(wén)章中所報(bào)道(dào)的三七全基因組數據爲将來(lái)進一步研究三七生長特性、栽培、育種以及皂苷合成提供了(le)遺傳數據資源。這(zhè)一成果發表于核心期刊《Plant Communications》。

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    三代全基因組測序對(duì)基因組DNA的濃度、純度有較高(gāo)要求,隻有質量合格的樣品才能(néng)進入測序流程,否則将導緻錯誤的産生。   

    本文(wén)中樣品質控使用(yòng)了(le)Implen的Nanophotometer®及Qubit 2.0,分别對(duì)提取的基因組DNA進行純度及濃度檢測。A260/A280、A260/A230方法爲核酸樣品質控的通用(yòng)方法,同時(shí)也(yě)是目前的标準方法。Nanophotometer®可以準确的測量A260/A280和(hé)A260/A230,提供完整的DNA純度數據,完全符合期刊對(duì)于數據完整性的要求。

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    這(zhè)得益于設備高(gāo)精度的光學結構,在全波長掃描下(xià)可同時(shí)獲得全波長數據。無論是NGS,三代測序,還是QPCR,DNA還是RNA,Nanophotometer®都可以令您得心應手,助力您的科學研究。

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    如果您使用(yòng)基因測序作(zuò)爲研究手段,可根據通量需求選擇Implen的N60或N120系列,實現(xiàn)對(duì)少量或大(dà)量核酸樣本的質控。N60作(zuò)爲單通道(dào)設備,性能(néng)出衆,操作(zuò)便捷;N120可一次測量12個樣品,得到(dào)準确結果。二者均具有很(hěn)好(hǎo)的波長精度,适合多波長測量下(xià)的比值數據獲取。

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    相信Nanophotometer®超微量分光光度計(jì)能(néng)夠成爲您在基因測序工(gōng)作(zuò)中值得信賴的好(hǎo)工(gōng)具。

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